پس از ورود دین اسلام به ایران، اصفهان نیز مانند دیگر شهرهاى ایران تا اوایل قرن چهارم تحت سلطهٔ اعراب بود و در زمان منصور خلیفهٔ عباسى، مورد توجه قرار گرفت و به حاکم این شهر دستور داده شد که در عمران و آبادانى آن بکوشد. به همین منظور در دهکدهٔ خشینان (احمدآباد فعلی) قصرى عالى بنا گردید و بارویى به دور شهر کشیده شد و خشینان به یهودیه متصل گشت.
در دوره‌های مختلف مراکز مهم و زیبایی به نام حوزه، مدرسه و مسجد جهت نشر افکار و عقاید و آیین اسلام بنا شد. اولین مسجد در اصفهان در زمان خلافت حضرت امیر (ع) در محلّة گلبار در کنار مرقد شیعا و مقبرة امام‌زاده اسماعیل ساخته شد. استادان و دانشمندان مبرز ایرانی و اصفهانی به تدریس و تألیف و ترجمه پرداختند و حاصل زحمات خود را به نام آثار اسلامی در جهان منتشر ساختند. تاجایی که در دورة صفویه بنا به نوشته شاردن، سیّاح فرانسوی تعداد مدارس مذهبی در اصفهان ۵۷ باب ذکر شده وکتاب تاریخچه وقف، تعداد مساجد را ۱۸۰ باب آورده است.
همه این مدارس و مساجد و حوزه‌های علمیه کتابخانه داشته و مدرسین دانشمند و بزرگی در آنجا تدریس می‌نمودند و به وعظ و خطابه می‌پرداختند. بیشتر آن‌ها دارای موقوفاتی بودند که مخارج آن‌ها را تأمین می‌کرده است. بعضی از آن‌ها دارای اطاقهای متعدّدی بوده که طلاب علوم دینی در آنجا به صورت شبانه‌روزی زندگی می‌کردند.
مهم‌ترین دوره و اوج شکوفایی مذهبی این شهر مربوط به دوره صفویه بوده است که با هجرت دانشمندان شیعه از لبنان و دیگر مناطق، این شهر مرکزیت علمی در همه زمینه‌ها پیدا نموده و می‌توان این دوره را یکی از دوره‌های طلایی و تمدن پیشرفته شیعه تلقی نمود. در این دوره محقق کرکی عاملی به عنوان بزرگ فقیه و دانشمند شیعه در دربار، به عنوان مشاور اعظم و پس از او شیخ بهایی و سپس علامه مجلسی نقش والایی را در شکل گیری این تمدن شیعی ایفا نمودند. در این دوره تمدن شیعه شیخ بهایی با برخورداری از تخصص در بیشتر علوم زمان خود و مهندسی فوق العاده، مدیریت علمی این تمدن با شکوه را بر عهده گرفته و اصفهان در زمینه کشاورزی و صنعت و معماری و هنر و مرکزیت پیدا کردن سرآمد شهرهای اسلامی شد.
حوزهای علمیه در این شهر نقش والای خود را ایفا نمودند و مدرسه‌های بزرگی در این شهر با معماری زیبای اسلامی شکل گرفت مانند مدرسه چهار باغ، مدرسه صدر، مدرسه نیم آور، مدرسه صدر خواجو، مدرسه ملاعبد الله، مدرسه جده بزرگ و مدرسه جده کوچک و… در دوره صفویه در این شهر جریانهای علمی بزرگی در زمینه دانش فقه و حدیث و تفسیر و فلسفه در این شهر شکل گرفت که آثار و تالیفات این دوره مهم‌ترین کتب علمی امروزه در حوزه‌های علمیه به حساب می‌آید. دایرة المعارف بزرگ بحارالانوار مهم‌ترین کتاب شیعه محصول این دوره و تالیف علامه مجلسی می‌باشد.
پس از انتقال مرکزیت علمی حوزهای دینی از این شهر به کربلا و نجف، حوزه‌های علمی این شهر پویایی خود را حفظ نموده و خاندانهای علمی بزرگی در این شهر شکل گرفت که این حیات علمی تا به امروز در اصفهان ادامه پیدا کرده و امروزه هم حوزه علمیه اصفهان پس از قم در کنار حوزه مشهد یکی از بزرگ‌ترین مراکز علمی جهان تشیع به حساب می‌آید.
اهم دانشمندان و فضلا و عرفایی که در مراکز دینی این شهر به تدریس اشتغال داشتند عبارت‌اند از: علی بن سهل متوفی به سال ۲۸۰ هجری، ابوالفرج اصفهانی متوفی به سال ۳۶۰ قمری، حمزة اصفهانی متوفی به سال ۳۶۰ قمری، حافظ ابونعیم متوفی در ابتدای قرن چهارم، ابوعبدالله معصومی متوفی در نیمه اول قرن پنجم، راغب اصفهانی متوفی به سال ۵۶۵ قمری، ابوعلی مسکویه متوفی به سال ۲۴۰ هجری، مفضل بن سعد بن حسین مافروخی، صاحب بن عبّاد و محقّق کرکی معروف به محقق ثانی. علاوه بر این‌ها بسیاری از دانشمندان معروف دیگر از جمله: ابن سینا، ملاصدرا، علاّمه مجلسی، میرداماد، می‌رفندرسکی، شیخ بهایی و در این اواخر نیز آیت الله آقا رحیم ارباب و استاد جلال همایی، در حوزه‌های علمیه اصفهان به تدریس علوم اشتغال داشته‌اند.
از بانوان فاضل و دانشمند، سرکار حاجیه خانم امین مجتهده مشهور و حاجیه خانم همایونی که از مؤسسین مکتب فاطمه در اصفهان بوده‌اند نیز از مدرسین عالیقدر و فاضل معاصر اصفهان به شمار می‌آیند. اصفهان به برکت وجود بسیاری از علما و فضلا و عرفا و شعرا و دانشمندان به دارالعلم شهرت داشته است. بیشتر دانش‌پژوهان و طلاّب علوم دینی به این شهر می‌آمدند و از دریای بی‌کران علوم دانشمندان اصفهانی کسب فیض می‌کردند و خود به درجات علمی و فقهی نایل آمده جهت تعلیم و تدریس به ممالک و شهرهای خود باز می‌گشتند.
